Nato nel 1502 da una famiglia cremonese di antica nobiltà, Antonio Maria Zaccaria rimase orfano di padre in tenera età, e fu allevato dalla madre che lo indirizzò verso gli studi di medicina. Si laureò infatti in filosofia e in medicina all’Università di Padova nel 1524, ma tornato a Cremona non intraprese la carriera medica.

Venne infatti in contatto con il religioso domenicano Battista da Crema, autore di opere devozionali che sostenevano un particolare rigore ascetico, spesso accusato di eresia e di eccessiva vicinanza agli ideali pauperistici propugnati in Belgio dal movimento delle Beghine e in Francia dai cosiddetti Poveri di Lione, dai quali nascerà in seguito la Chiesa Evangelica Valdese. Seguendo gli insegnamenti di Battista, Antonio Maria si diede a una vita di preghiera e predicazione, riunendo intorno a sé i giovani dell’oratorio cittadino e diversi nobili e, intrapresi gli studi ecclesiastici, fu ordinato sacerdote nel 1529.

Su indicazione dello stesso Battista da Crema divenne cappellano e confessore della nobildonna Ludovica Torelli con la quale, dopo aver ridato vita alle istituzioni religiose giovanili di Cremona e partecipato attivamente alla campagna contro l’epidemia di peste, si trasferì a Milano. Qui continuò la sua opera di predicazione e, venuto in contatto con diversi esponenti della nobiltà milanese animati dagli stessi ideali di ascetismo e rigore, diede vita alla Compagnia dei Figlioli e delle Figliole di Paolo Santo, detta anche Congregazione di san Paolo, una formazione religiosa dalla formula abbastanza originale: era infatti formata da tre "collegi", uno di sacerdoti, uno di suore e l'altro di laici.

Da questa congregazione nasceranno, e saranno riconosciuti dalla Chiesa, tre ordini religiosi. Il primo, maschile, fu la Congregazione dei Chierici Regolari di San Paolo, meglio noti col nome di "Barnabiti" dalla chiesa milanese di San Barnaba, dove tenevano le prime riunioni; nacque poi, anche grazie all’interessamento della contessa Ludovica Torelli, la Congregazione delle Suore Angeliche di Paolo Converso, e finalmente la Congregazione Laicale dei Maritati di San Paolo.

Tutti e tre gli ordini furono a diverso titolo osteggiati dalle gerarchie ecclesiastiche milanesi, che mal sopportavano le loro pratiche, le loro penitenze, il loro modo di vestire, la loro predicazione talvolta provocatoria e il loro rigore ascetico. Contro barnabiti, angeliche e maritati, tra il 1534 e il 1537, furono addirittura istruiti due processi per eresia, che però si conclusero con l’assoluzione.

Nel 1539 tornò a Guastalla per dirimere una contesa fra due nipoti della nobildonna Torelli e per seguire le pratiche di vendita del feudo di famiglia ai Gonzaga, ma il clima della Bassa Padana finì con l’aggravare le sue già precarie condizioni di salute. In giugno, capendo che stava per morire, chiese di essere accompagnato a Cremona, a casa di sua madre, dove morì nel primo pomeriggio del 5 luglio 1539.

Dopo il funerale celebrato a Cremona, il suo corpo venne seppellito a Milano nel monastero di San Paolo delle Angeliche. L'8 maggio 1891 le sue reliquie furono riesumate e traslate nella chiesa di San Barnaba. Venerato da subito come beato, fu canonizzato da Leone XIII il 27 maggio 1897.