Francisco de Borja y Aragón nacque il 28 ottobre 1510 a Gandia (Spagna). Il padre desiderava che divenisse un perfetto uomo di mondo ma il ragazzo imparò le norme cavalleresche, studiando anche la filosofia. Maneggiò le armi senza trascurare i libri; fu paggio presso la corte imperiale, ma si fece terziario francescano e la sua carriera fu brillante e movimentata, raggiungendo la pienezza di una santità priva di ogni sospetto.

Era benvoluto da Isabella di Portogallo ed anche dal marito, il potentissimo imperatore Carlo V, sui cui regni "non tramontava mai il sole ". Questi lo nominò marchese di Lombai e la regina gli dette in sposa Leonora di Castro, dalla quale ebbe otto figli. Fu eletto Gran Cavallerizzo dell'Imperatore e Grande Scudiero dell'Imperatrice, il cui erede Filippo XI, lo ebbe come amico e confidente. Viaggiava in portantina, leggendo però san Paolo e Giovanni Crisostomo.

Impartiva lezioni di cosmografia all'Imperatore, che poi accompagnò in una guerra contro i Francesi. Ammalatosi e creduto in punto di morte, quando guarì fu spinto verso una maggiore chiarezza spirituale, specialmente quando, dopo la perdita della protettrice - l'Imperatrice Isabella - si trovò alla vista del suo volto decomposto dalla morte. Trovò allora una saggia e sicura guida spirituale nel beato Giovanni d'Avila.

Giunse al culmine della sua carriera con la nomina a Viceré di Catalogna ove, per quattro anni, si adoperò per migliorare le condizioni di quella povera provincia, inquieta e ribelle, perché mal governata. Quando, nominato Gran Maggiordomo e Consigliere di Stato, avrebbe potuto godere tranquillamente l'alta posizione, si ritirò nel suo Ducato di Gandia, ma Ia morte dell'ancor giovane moglie lo spinse a quel passo che pose fine in modo imprevisto alla sua fortunata vicenda mondana. Decise infatti di entrare nella Compagnia fondata da pochi anni dal conterraneo Ignazio di Loyola, e nel 1548 pronunziò i voti solenni.

Considerando la sua eccezionale personalità, il Papa gli permise di restare nel mondo, per occuparsi dei figli e del suo ducato ma, due anni dopo, Francisco de Borja rinunciò solennemente ai beni e alle cariche. Avrebbe aspirato ad una vita ritirata e contemplativa ma era una carta troppo importante per il giovane Ordine. Per obbedienza, accettò gli incarichi più laboriosi e impegnativi e non deluse le speranze che la Compagnia riponeva in lui.

Con la sua saggezza, l'ammirazione di cui godeva e l'aiuto di doni soprannaturali, Francisco de Borja contribuì all'espansione europea, anzi, mondiale, della Compagnia di Gesù, preparando il rinnovamento cattolico della seconda metà del secolo.

Rinunciò alla carica di cardinale ma accettò incarichi importanti per la Compagnia, come quello di Commissario Generale della Compagnia dopo sant'Ignazio. Ne rinnovò le Costituzioni e ne fissò le pratiche spirituali. A Roma, fondò i principali Istituti dell'Ordine, in rapido accrescimento e fu fondatore delle prime missioni d'America.

Viaggiò infaticabilmente fino alla vigilia della morte, venerato ambasciatore di carità e di concordia, autorevole consigliere di Imperatori, Re e Principi. Riuscì a smentire la mala fama che la propria potente famiglia (in italiano Borgia) si era acquistata in epoche precedenti e morì nella sua cella romana il 30 settembre 1572.

Papa Urbano VIII lo dichiarò beato il 23 novembre 1624 ed Il 20 giugno 1670 proclamato santo da papa Clemente X .