Secondo figlio del nobile Gilberto II Borromeo e di Margherita de’Medici, Carlo nacque il 2 ottobre 1538 nella Rocca di Arona, e come d’uso all’epoca nelle grandi famiglie nobiliari fu destinato, come cadetto maschio, alla vita religiosa.

A 12 anni ricevette la tonsura, simbolo e contrassegno mondano della consacrazione al Signore, e quasi contestualmente gli fu affidata l’amministrazione dell’abbazia di San Leonardo di Siponto, in Puglia, della quale fu nominato abate commendatario: era una sinecura, molto in uso all’epoca, per garantire all’affidatario una cospicua rendita, ma il giovane Carlo, che intanto proseguiva i suoi studi fino a laurearsi a Pavia in giurisprudenza utroque iure (diritto civile e canonico), dopo aver devoluto il suo reddito ai poveri, prese il suo incarico tanto sul serio da vedersi assegnare di lì a poco altre commende di varie abbazie in difficoltà economiche.

La svolta della sua vita avvenne il giorno di Natale del 1559, quando fu eletto papa col nome di Pio IV Gianangelo de’Medici, fratello di sua madre Margherita, il quale lo volle accanto a sé a Roma, creandolo cardinale e facendo di lui il suo segretario privato. Un caso di nepotismo, come tanti altri in quegli anni, ma per una volta tanto positivo, perché Carlo appena ventiduenne e ordinato sacerdote solo dopo la sua nomina a porporato, oltre a dare ancora una volta prova della sua abilità di amministratore come protonotario apostolico e amministratore dell’importantissima diocesi di Milano, si mise in luce anche come diplomatico, divenendo legato apostolico a Bologna e in Romagna, e sotto il profilo dottrinale, partecipando attivamente alle ultime fasi del Concilio di Trento, dove contrastò efficacemente le teorie protestanti e calviniste sull’Eucaristia. Si adoperò inoltre per l’istituzione dei seminari per la formazione del clero.

Consacrato vescovo nel 1563 ed elevato ad arcivescovo di Milano l’anno successivo, restò tuttavia a Roma, dove ricoprì su incarico dello zio papa molti altri incarichi di prestigio. Nella sua sede milanese si trasferì definitivamente nel 1566, dopo la morte dello zio Pio IV.

Era a quel punto uno degli uomini più influenti e potenti delle gerarchie della Chiesa Cattolica, e una volta arrivato a Milano, dove la lunga assenza di un arcivescovo residente aveva causato l’impoverimento della diocesi e l’allentamento delle regole di vita dei religiosi secolari e non, si dedicò a ristabilire nella diocesi la disciplina e la preparazione del clero, attirandosi nell’assolvimento di questo compito non poche inimicizie, che culminarono addirittura in un attentato, organizzato dal potente ordine religioso degli Umiliati, che si era allontanato dalla Chiesa cattolica portandosi su posizioni calviniste.

Fu anche pastore energico e attento ai bisogni dei poveri e degli emarginati, viaggiando in tutti gli angoli della sua vastissima arcidiocesi, che comprendeva territori liguri, piemontesi e perfino svizzeri. Sempre impegnato in opere assistenziali, fu in prima linea sia durante la carestia del 1569 che durante la peste del 1576, non a caso ricordata come la “peste di san Carlo”.

Scampato alla peste, la sua salute si fece tuttavia malferma, e gli ultimi anni della sua vita furono spesso funestati da attacchi di febbre, che non gli impedirono tuttavia di continuare a visitare borghi e parrocchie della sua diocesi. Fu uno di questi attacchi, durante il viaggio di ritorno da una visita pastorale sul lago Maggiore, a piegare definitivamente la sua resistenza, il 3 novembre del 1584, all’età di soli 46 anni.

Poiché la morte avvenne in tarda serata, secondo l’uso del tempo la sua ricorrenza venne fissata al giorno successivo, 4 novembre. Il suo corpo fu deposto nella cripta del Duomo di Milano, dove ancor oggi si trova.

Per avere un’idea dell’importanza che la sua figura ebbe per il cattolicesimo, basti pensare che appena 26 anni dopo la morte, e senza essere preventivamente beatificato, fu canonizzato da papa Paolo V.