Narra Jacopo da Varagine, nella sua Legenda Aurea redatta sul finire del XIII secolo, che fu papa Urbano I a volere che il corpo di santa Cecilia fosse seppellito tra quelli dei vescovi, e che fu sempre lui a consacrare la casa dove la santa aveva vissuto, trasformandola così in una chiesa, che nel corso dei secoli è poi diventata l’odierna basilica di Santa Cecilia in Trastevere.

Secondo una trascrizione di una passio risalente al V secolo, nelle stanze di quella stessa casa la giovane Cecilia, nata agli albori del III secolo da una nobile famiglia romana e convertita ancor fanciulla al cristianesimo, si aggirava al suono degli organi (canentibus organis) levando in cuor suo una preghiera al Signore: “fiat Domine cor meum et corpus meum inmaculatum ut non confundar”, fa’, o Signore, che il mio cuore e il mio corpo siano immacolati, affinché io non sia confusa

Quel giorno Cecilia stava per celebrare il matrimonio con il nobile Valeriano il quale, messo al corrente durante la prima notte di nozze del voto della sposa, aveva voluto a sua volta ricevere il battesimo dalle mani dello stesso papa Umberto I. Anche Tiburzio, fratello di Valeriano, si associò alla richiesta, e i due si dedicarono alla missione di dare sepoltura ai cristiani che, per ordine del prefetto Almachio, giacevano insepolti dopo aver subito la tortura; sorpresi dai soldati, i due furono condotti in carcere, dove ebbero modo di convertire al cristianesimo l’ufficiale che li aveva in custodia, prima di essere insieme a quest’ultimo torturati e uccisi per decapitazione.

Sorpresa dopo pochi giorni a pregare sulla tomba dello sposo, Cecilia venne tratta davanti al prefetto Almachio che, chiestole invano di rinnegare la sua fede, la condannò ad essere torturata e uccisa col fuoco. Ma la giovane sposa, secondo un’altra trascrizione della medesima passio, lungi dal morire bruciata, cantava le lodi del Signore mentre gli incandescenti strumenti di tortura (candentibus organis) si accanivano inutilmente sul suo corpo che, in virtù della sua preghiera, si manteneva intatto nel supplizio.

Gli studiosi sono al giorno d’oggi concordi nel ritenere che proprio dall’oscillazione di significato tra candentibus e canentibus sia derivata la tradizione iconografica che vuole Cecilia raffigurata quasi sempre con un organo, a volte anche solo un piccolo organo a fiato, e che questo sia il motivo per cui ha finito col diventare patrona della musica e dei musicanti in genere.

In ogni caso, visto che nulla le fiamme potevano sul suo corpo, il prefetto ordinò che fosse decapitata: il carnefice vibrò i tre colpi legali che erano richiesti durante questo genere di esecuzione, ma ancora una volta Cecilia non morì; rimase infatti agonizzante per tre giorni, al termine dei quali fu papa Urbano I in persona a raccogliere il suo corpo e a seppellirlo tra quelli dei vescovi di Roma nelle catacombe di San Callisto.

Patrona della musica e dei musicisti, nonché ispiratrice del cosiddetto movimento ceciliano, cui aderirono nel XIX secolo musicisti, liturgisti e altri studiosi che intendevano restituire dignità alla musica liturgica sottraendola all'influsso del melodramma e della musica popolare, la sua festa si celebra il 22 novembre.