Nono di dodici figli, Johannes Hofbauer nacque il 26 dicembre del 1751 nel villaggio moravo di Tasswitz. Pur avendo manifestato fin dall'infanzia il desiderio di essere avviato al sacerdozio, il giovane Hansi vide questa sua speranza frustrata dalla morte del padre Paul quando aveva da poco compiuto i sette anni.

La povertà nella quale si venne infatti a trovare la famiglia rese impossibile farlo proseguire negli studi, costringendolo ad accontentarsi delle lezioni di latino che il parroco del villaggio accettò di impartirgli. Dopo la morte del sacerdote il nostro Hansi, in cerca di un modo per sbarcare il lunario, finì col trovare un lavoro da fornaio a Znaim, capoluogo della regione. Aveva allora quindici anni, e pochi anni dopo, sempre in qualità di fornaio, entrò alle dipendenze del priorato di Brück.

Erano tempi di restrizioni e povertà, e Johannes era costretto a lavorare giorno e notte per produrre il pane che serviva a sfamare i poveri che si rivolgevano in cerca di aiuto al priorato. La sua aspirazione, in quel periodo, era quella di diventare eremita, cosa che realizzo per breve tempo a partire dal 1775.

Quando una legge promulgata dall'imperatore asburgico Giuseppe II vietò l'eremitaggio, Johannes decise di trasferirsi in Italia, dove poté finalmente coronare il suo sogno, grazie anche alla protezione accordatagli dal futuro papa Pio VII, Barnaba Chiaramonti. Fu solo allora, quando aveva ormai trent'anni, che cambiò il suo nome di battesimo in quello di Clemente Maria.

La vita in eremitaggio però non si rivelò adatta all'indole di Clemente Maria, che dopo soli sei mesi la abbandono, spostandosi a Vienna, dove intraprese studi di teologia. Era ormai a un passo dal sacerdozio, ma ancora una volta una legge dell'imperatore Enrico II, fiero sostenitore dell'assolutismo illuminato, gli impedì di realizzare i suoi desideri. Tornò così in Italia, ed entrato a far parte della comunità dei Redenzionisti, fu finalmente ordinato sacerdote il 29 marzo del 1785.

Ricevette quindi l'incarico di tornare in Austria per contrastare le iniziative antireligiose di Enrico II, ma trovandosi ben presto nell'impossibilità di farlo, si spostò in Polonia, dove continuò a portare avanti il suo apostolato nonostante l'avversione di Federico Augusto di Sassonia e di buona parte della popolazione, contrariati dall'ostinato pacifismo dei Redenzionisti negli anni in cui la Polonia lottava aspramente per la sua indipendenza.

Fu a causa di questi contrasti che, nel 1808, Clemente Maria venne espulso dalla Polonia. Tornò così a Vienna, dove sotto Francesco II trovò un clima leggermente più tollerante, e dove si pose in buona luce per l'aiuto prodigato alla popolazione durante l'assedio napoleonico dell'anno successivo. Questi meriti non gli risparmiarono tuttavia ulteriori critiche e minacce di espulsione, perché il suo zelo apostolico era inviso alle autorità imperiali.

A salvarlo da questa ennesima cacciata, fu il suo antico protettore Barnaba Chiaramonti, ormai asceso al Trono di Pietro col nome di Pio VII, il quale durante una visita a Roma di Francesco II gli parlò talmente bene di Clemente Maria da indurlo addirittura a concedere il permesso di costruire a Vienna una chiesa redenzionista.

Nella capitale austriaca Clemente Maria restò così fino alla morte, avvenuta dopo breve malattia il 15 marzo del 1820. Beatificato nel 1888 da Leone XIII, fu canonizzato nel 1909 da Pio X, ed è considerato patrono di Vienna e, in ricordo dell'antico e umile mestiere, dei fornai.