Nonostante la povertà dei suoi natali, il "de" che compare nel nome di Juan de Yepes Álvarez è proprio una particella nobiliare. Suo padre Gonzalo apparteneva infatti ad una ricca famiglia della nobiltà di Toledo, ma da questa era stato diseredato e scacciato dopo la sua decisione, nel 1529, di sposare Caterina Álvarez, una bella ma povera tessitrice che aveva conosciuto durante uno dei suoi viaggi d'affari.

Juan, nato nel 1542, era il terzo figlio della coppia, ed aveva appena quattro anni quando l'improvvisa morte del padre precipitò la famiglia nella miseria più nera. A Fontiveros, dove avevano fin lì vissuto, sbarcare il lunario divenne praticamente impossibile, tanto che uno dei fratelli, Luis, morì dopo nemmeno due anni proprio a causa della malnutrizione. Caterina allora si spostò prima ad Arèvalo e poi a Medina del Campo, dove grazie anche all'aiuto del figlio maggiore Francisco, ormai quasi ventenne e sposato, le loro condizioni di vita migliorarono leggermente.

Non al punto tuttavia di consentire al piccolo Juan un regolare corso di studi. Entrò dunque al Colegio de los Niños de la Doctrina, dove in cambio della formazione minima impartita si richiedeva agli iscritti di frequentare i conventi per servire a Messa, uscire a chiedere elemosine, prestare aiuto a piccoli artigiani che facevano offerte alla Chiesa e assistere ai funerali.

Questa formazione gli permise tuttavia di continuare gli studi presso il Collegio dei Gesuiti, sia pure come esterno e in parallelo con un lavoro di assistente in un ospedale, raggiungendo così una buona conoscenza di base nelle discipline umanistiche: studiò latino, retorica ecomposizione poetica, e nel 1563, ormai ventunenne, entrò nel convento dei Carmelitani di Medina del Campo con il nome di frate Juan de san Matias. Quando quattro anni dopo celebrò la sua prima Messa però già cominciava a manifestare i primi segni di insodisfazione.

Fu a questo punto della sua vita che incontrò per la prima volta la futura santa Teresa di Gesù, che in quegli anni era impegnata nella fondazione di una nuova casa per il suo ordine "riformato" delle Carmelitane "scalze", fortemente osteggiato dai Carmelitani "calzati". Conquistato dalla visione mistica di Teresa, Juan abbandonò gli studi di teologia che aveva da poco intrapreso a Salamanca per seguirla nel suo convento di Valladolid, cambiando il suo nome in quello di Juan de la Cruz. Era l'estate del 1568, e sul finire di quello stesso anno Juan fondò a sua volta un monastero, il primo maschile del nuovo ordine "riformato" dei Carmelitani Scalzi, nei pressi di Segovia.

Le polemiche con i "non riformati" del suo ordine erano tuttavia destinate a durare, e segnarono pesantemente la vita di Juan, che tra il 1577 e il 1578 fu addirittura detenuto nel convento dei Carmelitani "calzati" perché ritenuto responsabile di un incidente avvenuto tra le mura del convento di Ávila. Sottoposto a privazioni e a torture fisiche e spirituali, riusci avventurosamente ad evadere, traendo da quel periodo l'ispirazione per i suoi due poeti mistici (il Cantico Spirituale e la Notte Oscura dell'Anima) e per i suoi trattati di teologia mistica.

Negli anni successivi ricoprì ancora incarichi importanti all'interno dell'ordine, e viaggiò molto. Nel 1590 una ulteriore acerrima disputa teologica gli valse però la destituzione da tutti gli incarichi direttivi e l'abbandono da parte di molti dei suoi seguaci. Confinato nell'isolato monastero di La Peñuela e tormentato dal fuoco di sant'Antonio, morì nella notte tra il 13 e il 14 dicembre del 1491 nel monastero di Ubeda, dove si era fatto trasportare per essere curato.

Proclamato beato da Clemente X nel 1675, fu canonizzato da Benedetto XIII nel 1726, e la sua commemorazione fu inizialmente fissata al 24 novembre (data indicata nel nostro santino) per non sovrapporsi con l'ottavario dell'Immacolata. Fu Paolo IV, nel 1969, a fissarla del suo dies natalis (la nascita alla vita eterna) del 14 dicembre. Nel frattempo, nel 1926, Pio XI lo aveva proclamato Dottore della Chiesa.