Joâo Cidade Duarte nacque l'otto marzo 1495 a Montemor-o-Novo, nei pressi di Evora, poco lontano da Lisbona. All'età di otto anni, mentre si trovava ad Oropesa, nella Nuova Castiglia, i suoi amici, non sapendo nulla di lui, lo soprannominarono Giovanni di Dio e tale rimase il suo nome.

Per più di venti anni fece il pastore e il contadino poi si arruolò tra i soldati e, nella battaglia di Pavia, tra Carlo V e Francesco I, si trovò nello schieramento del vincitore, cioè Carlo V; successivamente partecipò alla difesa di Vienna contro l'assedio di Solimano II. Finita l'avventura militare ed i soldi, viaggiò in Europa e in Africa ove fu bracciante; per qualche tempo fu pure venditore ambulante a Gibilterra e, più tardi, nel 1538, stabilitosi a Granata, aprì una modesta libreria.

Fu allora che Giovanni mutò radicalmente l'indirizzo della propria vita, in seguito a una predica del beato Joâo d'Avila. Il giovane vendette libri e negozio e, privandosi anche delle scarpe e del vestito, si mise a mendicare per le vie della città, rivolgendosi ai passanti con la nota frase che diverrà presto l'emblema della nuova istituzione: "Fate (del) bene, fratelli, a voi stessi". La carità che la gente gli faceva veniva spartita infatti tra i più bisognosi.

Ma gli abitanti della sua città pensarono di fare del bene a lui rinchiudendolo in manicomio. Malinteso provvidenziale. In manicomio il futuro beato si rese conto della colpevole ignoranza di quanti pretendevano curare le malattie mentali con metodi degni di un torturatore. Così, nel 1539, appena poté liberarsi da quell'inferno, fondò a Granada il suo primo ospedale con l'aiuto di benefattori.

Pur completamente sprovvisto di studi di medicina si dimostrò molto bravo nel curare le malattie mentali, inaugurando, con grande anticipo nel tempo, quel metodo psicoanalitico o psicosomatico che sarà il vanto di Freud quattro secoli dopo. La cura dello spirito era la premessa per una proficua cura del corpo. Giovanni di Dio raccolse i suoi collaboratori in una grande famiglia religiosa, l'ordine dei Fratelli Ospedalieri, meglio conosciuti col nome di Fatebenefratelli.

Morì per polmonite a soli cinquantacinque anni, nel giorno del suo compleanno, l' 8 marzo 1550.

Beatificato l'11 settembre 1630 da papa Urbano VIII, fu canonizzato il 16 ottobre 1690 da Alessandro VIII. Nel 1886, Leone XIII lo dichiarò patrono degli ospedali e di quanti operano per restituire la salute agli infermi.