Carlo Gnocchi nacque il 25 ottobre del 1902 a San Colombano sul Lambro da una famiglia modesta, ma profondamente religiosa. Quando nel 1907 il padre Enrico, malato di silicosi a causa del suo lavoro di marmista, morì la madre si trasferì a Milano, dove per una sarta era più facile sbarcare il lunario.

Qui Carlo frequentò le scuole elementari per poi proseguire gli studi dai salesiani. Nel frattempo anche i suoi due fratelli erano morti, Mario nel 1909 e Andrea nel 1915, entrambi di tubercolosi. Fu proprio dopo la morte del secondo fratello che Carlo, grazie anche all'incoraggiamento del parroco del paesino di Besana Brianza, dove trascorreva le vacanze estive in casa di una zia, decise di assecondare la nascente vocazione sacerdotale entrando in seminario. Completati gli studi con la maturità conseguita al prestigioso liceo Berchet, fu ordinato sacerdote il 6 giugno del 1925.

Fin dal primo breve incarico di assistente di oratorio a Cernusco sul Naviglio, don Carlo si appassionò alla crescita culturale e all'educazione spirituale dei giovani, tanto da attirare l'attenzione del cardinale Tosi, arcivescovo di Milano, che lo volle cappellano dell'Opera Nazionale Balilla. Il successore di Tosi, il cardinale Schuster, lo nominò nel 1933 padre spirituale dei Gruppi Universitari Fascisti salvo poi volerlo, dopo il distacco dal regime seguito all'adozione delle leggi razziali, come assistente spirituale dell'Istituto Gonzaga dei Fratelli delle Scuole Cristiane, a Milano.

Con l'entrata in guerra dell'Italia, il 10 giugno 1940, don Carlo volle in qualche modo seguire i giovani alla cui educazione si era fin lì dedicato, e si arruolò volontario come cappellano militare tra gli alpini del battaglione Val Tagliamento, impegnato sul fronte greco. L'anno successivo, con la fine della campagna greco-albanese, rientrò in Italia, ma dopo solo pochi mesi chiese e ottenne di essere inviato di nuovo al fronte, questa volta in Russia, cappellano della divisione alpina Tridentina con il grado di tenente.

Dopo la disastrosa fine della spedizione in Russia don Carlo viaggiò in lungo e in largo per l'Italia portando ai parenti dei caduti le ultime parole e le ultime volontà dei loro cari scomparsi, e fu in questo periodo che maturò in lui la decisione di fare qualcosa di tangibile per gli orfani di guerra. Nel frattempo, grazie anche ai continui spostamenti per l'Italia, aiutò ebrei e prigionieri alleati scappati a riparare in Svizzera, entrando a far parte dell'Organizzazione Scout Collocamento Assistenza Ricercati (O.S.C.A.R.), nata dal gruppo scout clandestino delle Aquile Randagie. Incarcerato a San Vittore, fu liberato grazie all'intervento del cardinale Schuster.

Con la fine della guerra don Gnocchi si poté finalmente dedicare alla realizzazione del progetto di assistenza agli orfani dei suoi alpini, allargando ben presto il raggio della sua opera anche ai giovani rimasti mutilati durante le azioni di guerra in territorio italiano, o in seguito allo scoppio dei numerosi residuati bellici lasciati sul terreno dalle truppe tedesche e alleate.

Nacque così la Federazione Pro Infanzia Mutilata, ufficialmente riconosciuta con Decreto del Presidente della Repubblica, che nel 1951 cambiò il suo nome in Fondazione Pro Juventute: la vasta rete di centri di assistenza e collegi che in breve furono aperti in molte città d'Italia fu presto ribattezzata dalla voce popolare con l'affettuoso nome di mutilatini di don Gnocchi, e tra le sue numerose attività ci fu anche quella dei primi centri di rieducazione per bambini poliomielitici. Nel frattempo si dedicò anche alla scrittura, sia narrativa che saggistica e pedagogica.

Un'attività talmente frenetica, quella dell'ex-cappellano degli alpini, che quando sul finire del 1955 si sentì male durante l'inaugurazione di una struttura a Roma, i medici pensarono subito ad un esaurimento psicofisico. Si trattava invece di un tumore, ormai metastatizzato, che lo portò alla morte nel breve volgere di pochi mesi. Prima di morire, il 28 febbraio del 1956 a Milano, ebbe modo di convincere il professor Galeazzi, primario oftalmologo di Milano, a espiantare le sue cornee per donarle a due dei suoi ragazzi ciechi.

All'epoca la donazione di organi in Italia non era ancora normata, e fu proprio lo scalpore suscitato nell'opinione pubblica dal gesto di don Gnocchi ad accelerare il dibattito, portando in poco più di un anno alla promulgazione della prima legge in materia.