Giovanni (Juan) nacque il 6 gennaio 1494 ad Almodóvar del Campo (Ciudad Real) nella nobile famiglia castigliana di Alonso de Ávila e Catalina Xinón e rimase orfano quando era ancora giovane.

Studiò giurisprudenza a Salamanca e all'università di Alcalá de Henares dove si laureò in teologia e filosofia. Ordinato sacerdote nel 1525 celebrò la sua prima messa un anno dopo, nella chiesa dov'erano sepolti i genitori e distribuì la sua parte di eredità ai poveri.

Nel 1527 progettò di partire per il Messico come missionario, ma il suo zelo e la sua abilità oratoria vennero segnalate al Vescovo di Siviglia che lo incaricò di organizzare delle missioni popolari in tutta l'Andalusia per ravvivare la fede in quelle terre: la sua fama di oratore si diffuse rapidamente presso tutti gli strati sociali della popolazione fino a divenire leggendaria.

Il 17 maggio 1538 venne incaricato di pronunciare il sermone in occasione dei funerali della regina Isabella di Portogallo, moglie di Carlo V. Fu quella sua omelia, a causare la conversione di Francesco Borgia che abbandonò la carica di Viceré di Catalogna per diventare un sacerdote della Compagnia di Gesù.

Amico di Ignazio di Loyola, favorì lo sviluppo e la diffusione dei gesuiti in Spagna; sostenne Teresa d'Avila nella sua opera di riforma dell'Ordine Carmelitano e Giovanni di Dio per la fondazione dei Fatebenefratelli.

Nel 1554 fu colpito da una grave malattia, ma nonostante ciò proseguì il suo apostolato sino alla morte, avvenuta presso Montilla il 10 maggio 1569 ove riposa nella locale Chiesa dei Gesuiti.

Fu autore di numerose opere di carattere devozionale tra cui l'Epistolario spirituale tra tutti gli stati e Audi, filia, et vide che ebbero uno straordinario successo nella seconda metà del XVII secolo, e vennero tradotti e diffusi in tutta Europa.

Il suo culto fu approvato sotto il pontificato di Clemente XIII e venne proclamato Venerabile l'8 febbraio 1759. Beatificato da Leone XIII il 4 aprile 1894; fu canonizzato il 31 maggio 1970 da Paolo VI.

Il 20 agosto 2011, durante la XXVI Giornata Mondiale della Gioventù a Madrid, Papa Benedetto XVI ha annunciato di volerlo proclamare Dottore della Chiesa in un futuro prossimo.