Choukrallah Maloyan, figlio di Melkon e Faridé di etnia armena, nacque a Mardine, in Turchia, il 19 aprile 1869. Scorgendo in lui i segni della vocazione, padre Joseph Tchérian convinse i suoi genitori a mandarlo in Libano, nel convento di Bzommar, dove terminò gli studi superiori e nel 1896 fu ordinato sacerdote con il nome di Ignazio, in ricordo del santo martire di Antiochia.

L'anno successivo padre Ignazio fu inviato in missione in Egitto, dove si acquistò la fama di sacerdote esemplare. Visse ad Alessandria e al Cairo approfittando del cosmopolitismo di queste due città per studiare il francese, l'inglese e l'ebraico, che considerava fondamentale per comprendere meglio le Sacre Scritture. Nel 1904 il patriarca Boghos Bedros XII Sabbaghian, notando le sue qualità eccezionali, lo nominò suo segretario privato.

E quando la diocesi di Mardine, qualche anno più tardi, si trovò ad avere bisogno di un collaboratore per assistere l'ormai anziano arcivescovo Houssig Gulia, il patriarca Sabbaghian non trovò scelta migliore che padre Maloyan: il 22 ottobre 1911, durante il sinodo dei vescovi armeni riunito a Roma, Ignazio fu eletto arcivescovo di Mardine e pochi giorni dopo fece ritorno nella sua città natale, dove si distinse immediatamente per la vicinanza ai problemi materiali, sociali e spirituali deil suo gregge e per la capacità di intrattenere buone relazioni con le massime autorità religiose e civili del paese.

La stima e l'apprezzamento che riscuoteva gli fecero guadagnare anche una decorazione conferitagli per decreto del sultano Maometto V, ma lo scoppio della prima guerra mondiale si trasformò ben presto in un incubo persecutorio contro le popolazioni armene. Già considerati con sospetto dalle autorità centrali maomettane per la loro fede cristiana, gli armeni si trovarono anche ad essere accusati di sostenere la Russia, che nello schacchiere mondiale era nemica della germania, alleata a sua volta della Turchia. Il 24 aprile 1915 segnò l'inizio di quello che viene oggi ricordato come il "genocidio armeno", e pochi giorni dopo i soldati turchi circondarono la chiesa armena e l'arcivescovado di Mardine, con il pretesto che vi fossero nascosti depositi di armi; non avendo trovato niente di compromettente si accanirono a distruggere gli archivi e i documenti, ma Ignazio si rese conto che i suoi giorni erano ormai contati.

All'inizio di maggio riunì dunque i suoi sacerdoti, mettendoli al corrente delle minacce contro gli armeni e consigliando a quelli di loro che non fossero pronti ad accettare il martirio di porsi sotto la protezione dell'arcivescovo cattolico Ignazio Tapouni, arcivescovo della Siria. Fatto questo, insieme ad altri 27 componenti della comunità armena di Mardine, affrontò serenamente il processo (religioso e politico) istruito dal capo della polizia locale, Mamdouh Bey. Accusato di avere armi nascoste in casa, Ignazio rispose che era sempre stato un cittadino fedele al governo e che il Sultano, in segno di merito, gli aveva conferito un alto riconoscimento onorifico. Mamdouh Bey gli propose allora di abbracciare l'Islam, per avere salva la vita.

L'udienza finale del processo si tenne l'11 di giugno e Ignazio sostenne fino all'ultimo che mai lui e i suoi confratelli erano venuti meno alla lealtà nei confronti del governo, riaffermando al tempo stesso che mai avrebbero rinnegato la loro fede né tradito la Chiesa. Mantenne questa sua professione nonostante i maltrattamenti e le percosse alle quali a più riprese lo sottoposero sia il capo della polizia che i suoi soldati. Condannato a morte per alto tradimento, Ignazio si vide per la seconda volta offrire una possibilità di salvezza, a condizione però di abbracciare la religione musulmana.

A questa offerta, a nome anche dei suoi correligionari, Maloyan rispose: "Non siamo mai stati infedeli verso lo stato, ma se ci chiedete di essere infedeli verso la nostra religione, questo mai, mai e poi mai... Noi moriremo, ma moriremo per il Cristo». A queste parole Mamdouh infuriato estrasse la pistola, la puntò alla nuca di Ignazio, e fece fuoco. Il vescovo crollò a terra e si dice che prima di morire sia riuscito a dire: "Signore, abbi pietà di me, nelle tue mani affido il mio spirito".

Ignazio Choukrallah Maloyan fu beatificato il 7 ottobre 2001 da papa Giovanni Paolo II.