Nato secondo molte fonti a Cipro venti anni dopo la nascita di Gesù, all'epoca della Crocifissione Giovanni (questo il suo nome ebreo) abitava tuttavia quasi sicuramente con la madre Maria a Gerusalemme. Sono in molti ad identificare proprio nel tredicenne Marco il giovanetto che fu diretto testimone della cattura di Cristo nel Getsemani, e la conferma sarebbe da ricercare nel fatto che solo il suo Vangelo fa menzione di questo avvenimento: "Un giovanetto però lo seguiva, rivestito soltanto di un lenzuolo, e lo fermarono. Ma egli, lasciato il lenzuolo, fuggì via nudo" (Mc14,1.51.52).

Fin dall'inizio della predicazione a casa di Maria si riunivano infatti piccoli gruppi di seguaci di Cristo, e l'usanza continuò anche dopo la morte del maestro, quando tra i frequentatori della casa c'erano Pietro e il garante della conversione di san Paolo, Barnaba, anche lui nativo di Cipro e cugino di Marco.

Secondo molti studiosi infatti il Vangelo di Marco, tradizionalmente considerato il secondo, sarebbe in realtà stato scritto per primo, e molti indizi concordano nel far ritenere che l'autore sia stato un discepolo molto stretto proprio di Pietro. E del resto, il primo papa della nuova Chiesa Cristiana chiarisce senza alcuna ambiguità quali siano i suoi rapporti con Marco nel saluto di chiusura della Prima Lettera di San Pietro (5, 13), "Vi saluta la comunità che è stata eletta come voi e dimora in Babilonia; e anche Marco, figlio mio."

La lettera è indirizzata ai fedeli delle provincie dell'Asia Minore, e Babilonia (che all'epoca dello scritto era già decaduta) è una designazione metaforica di Roma, città pagana, idolatra e sede di un potere ancora ostile alla nuova religione. Dunque Marco era a Roma con Pietro, e questo fatto troverebbe conferma nella tradizione che vuole la basilica romana di San Marco eretta proprio nel luogo dove sorgeva la casa abitata da Marco in un periodo indicato in genere come "principio del regno di Claudio", e quindi nel 41.

Da Roma, per volere di Pietro, Marco intraprese numerosi viaggi di evangelizzazione: nel 50 partì con Paolo verso Antiochia, dove tuttavia non giunse mai perché, dopo una sosta a Gerusalemme, si recò con il cugino Barnaba nella loro Cipro natia. Tornato a Roma intorno al 60 partì ancora, poco prima dell'inizio delle persecuzioni neroniane, per un altro viaggio di evangelizzazione, stavolta verso Alessandria d'Egitto. Qui, secondo quanto riportato da Eusebio e confermato anche dalla Legenda Aurea, andò incontro al martirio: legato con una corda al collo, fu trascinato per le strade della città fino alla morte; era il 25 aprile del 59 d.C.

Prima del viaggio in Africa però, sempre su ordine di Pietro, Marco si era recato ad Aquileia, dove aveva nominato il primo vescovo di quella comunità. Fu durante questo viaggio che, attraversando la laguna dove secoli più tardi sarebbe sorta Venezia, si imbatté in un un angelo in forma di leone alato che gli si rivolse preannunciandogli che in quelle terre avrebbe trovato riposo il suo corpo. "Pax tibi Marce, evangelista meus. Hic requiescet corpus tuum", sono le parole scritte nel libro (da molti erroneamente identificato col Vangelo) che il leone simbolo di Venezia tiene tra le zampe.

Nell'iconografia cristiana san Marco è quasi sempre rappresentato in compagnia di un leone, o addirittura come un leone; un'idea che affonda le sue radici nel Trattato Contro le Eresie, scritto da Ireneo da Lione nel 180 d.C., allo scopo di affermare la legittimità dei quattro Vangeli canonici contro l'idea di Marcione, che intendeva mantenere solo quello di Luca, ma anche contro i vari gnostici, tra i quali in particolare quello di Tommaso.

I quattro esseri zoomorfi che stanno intorno al Trono di Dio cantandone le lodi, descritti prima nelle profezie di Ezechiele e Isaia e ripresi poi nelle visioni dell'Apocalisse di Giovanni secondo Ireneo altri non sarebbero che i quattro evangelisti. Per Ireneo, Marco era però legato alla simbologia dell'aquila, mentre il leone era associato a Giovanni. Fu san Girolamo a interpretare il tetramorfo (l'insieme delle quattro figure) in modo diverso, introducendo un richiamo agli incipit dei diversi Vangeli: e quello di Marco inizia con la descrizione di Giovanni Battista e della sua "vox clamantis in deserto" che si leva simile al ruggito di un leone nel deserto.

"Pace a te Marco, mio evangelista. Qui riposerà il tuo corpo": profezia avveratasi nell'828, quando due mercanti veneziani, Buono da Malamocco e Rustico da Torcello, riuscirono a trafugare da Alessandria il corpo di Marco, per trasportarlo avventurosamente fino a Venezia, nella basilica al santo dedicata, consacrata proprio in quell'anno.