Nepomuceno, e cioè nativo di Nepomuk, borgo della Boemia poco distante dalla città di Pilsen (famosa per la sua birra) che però, quando Giovanni vi nacque intorno al 1345, ancora si chiamava solo Pomuk. Assumerà il nome di Nepomuk, che ancora ha ai nostri giorni, solo dopo la fusione con altri borghi vicini, avvenuta nel 1384. A quell’epoca, secondo una delle ricostruzioni della sua breve vita, Giovanni era già stato precipitato nelle acque della Moldava dagli sgherri del perfido re Venceslao IV di Boemia… ma procediamo con ordine.

Le fonti storiche sono generalmente concordi nel ricostruire la prima parte della vita di Giovanni, la cui madre ci rimane ignota, mentre del padre Welflin si sa soltanto che era di origine tedesca, come del resto molti nativi di quella regione, e il suo nome sarebbe una corruzione del tedesco Wolfgang.

Il borgo faceva parte delle pertinenze di un monastero cistercense, e fu proprio la frequentazione dei frati a spingere il giovane Jan verso gli studi religiosi. Studiò teologia e giurisprudenza all'Università di Praga e nel 1373, ordinato sacerdote, divenne notaio nella cancelleria episcopale. Promosso quasi subito al ruolo di protonotario, fu poi segretario dell'arcivescovo di Praga.

Dopo aver ottenuto a Padova la laurea in diritto canonico, fu canonico, parroco e arcidiacono in varie chiese, finché nel 1390 l’arcivescovo Giovanni di Jenštejn gli attribuì il ruolo di canonico della cattedrale praghese di San Vito, scegliendolo come suo vicario generale, incaricato in particolare di presiedere il tribunale ecclesiastico.

E proprio in veste di presidente del tribunale all'inizio del 1393 Giovanni, che già si era fatto un nome per le sua preparazione e la sua intransigenza, si scontrò con il re Venceslao IV, il quale intendeva approfittare della morte dell’abate di Kladruby per trasformare quel monastero in una diocesi da affidare ad un vescovo suo protetto.

Giovanni si oppose a quella che definì apertamente una violazione del diritto canonico ratificando l’elezione del nuovo abate dei monaci di Kladruby; a quel punto Venceslao, per ridurlo all’obbedienza, lo fece imprigionare e torturare, ma Giovanni si rifiutò di acconsentire alle sue richieste e il re lo fece gettare nelle acque della Moldava dal Ponte Carlo il 20 marzo del 1393.

Questa ricostruzione dei fatti è confermata da un documento coevo conservato negli archivi vaticani: l’atto di accusa contro il re, presentato a papa Bonifacio IX il 23 aprile 1393 dall'arcivescovo Giovanni di Jenštejn che andò a Roma con il nuovo abate di Kladruby.

Un secolo più tardi però cominciò ad emergere una diversa versione: Giovanni sarebbe stato sì vittima della sua intransigenza e fedeltà ai principi della Chiesa, ma lo avrebbe fatto per difendere l’inviolabilità del segreto confessionale di fronte alle richieste del re il quale, pur noto per i suoi atteggiamenti libertini, riteneva che la moglie Giovanna di Baviera avesse un amante e pretendeva da Giovanni, confessore della regina, la conferma dei suoi sospetti e il nome dell’amante.

Diversa la motivazione, ma identica la fine: nelle acque della Moldava dal Ponte Carlo... solo che, essendo la regina Giovanna morta nel 1387, la data del martirio viene anticipata al 16 maggio del 1383; identica anche la scena che gli abitanti di Praga si sarebbe presentata la mattina successiva: il corpo di Giovanni giaceva sulle rive del fiume circondato da una strana luce.

Secondo alcuni storici potrebbero essere esistiti due diversi Giovanni, entrambi provenienti dalle stesse zone, mentre una più recente teoria ritiene che Venceslao, che già aveva in odio Giovanni per il suo rifiuto di infrangere il segreto confessionale, abbia approfittato dell’ulteriore ribellione ai suoi voleri per liberarsi di lui; questo spiegherebbe, tra l’altro, perché gli altri tre religiosi imprigionati con Giovanni nel marzo del 1393 non abbiano poi fatto la stessa sua fine.

In ogni caso Giovanni, venerato come santo in Boemia già subito dopo la morte e canonizzato nel 1729, è oggi protettore, oltre che della Boemia e della Slovacchia, anche dei confessori e dei ponti.