Juan Pedro nacque nell’anno 1499 ad Alcantara, in Estremadura (Spagna), primogenito dell’avvocato Alonso Garavita, governatore della regione, e della nobile Maria Villela de San Juan de Sanabria.

Nel 1507 rimase orfano del padre e la madre si risposò l’anno dopo con don Alonso Barrantes.
Dopo aver studiato grammatica e filosofia nella sua città natale, a quattordici anni fu inviato all'Università di Salamanca.

Nel 1515, terminati gli studi, si fa francescano del convento di più Stretta Osservanza a Manxaretes e a ventidue anni mandato a fondare una nuova comunità a Badajoz. Fu ordinato sacerdote nel 1524 e l'anno seguente eletto Padre guardiano del convento di Santa Maria a Robledillo. Divenne un apprezzato predicatore; le sue omelie, ispirate ai libri profetici e sapienzali della Bibbia, erano indirizzate preferibilmente alle fasce più umili della popolazione.

Fu un eccellente sacerdote dell'Ordine dei Frati Minori; ideatore di una riforma che introdotta nella famiglia francescana, diede origine ad un nuovo ramo detto dei Frati Scalzi. Nel 1538 fu eletto ministro della Provincia di san Gabriele.

Due anni dopo, mentre partecipava al capitolo di Plasencia, redasse le Costituzioni dei Membri di più Stretta Osservanza, ma l'opposizione ai suoi severi ideali fu tale che decise di rinunciare all'incarico di Provinciale e di ritirarsi in Portogallo sulle montagne di Arabida, dove -con Giovanni d'Avila- si unì a Padre Martino da Santa Maria che conduceva una vita eremitica in perfetta solitudine. Dopo poco tempo altri frati si associarono a lui formando piccole comunità e lo scelsero come guardiano e maestro dei novizi al convento di Pallais. Il ramo riformato dei Frati Scalzi possedeva, al tempo in cui Pietro entrò nell'Ordine, oltre ai conventi spagnoli, la Custodia di Santa Maria della Pietà in Portogallo.

Nel 1553 ritornò in Spagna e trascorse due anni in solitudine. In seguito intraprese un viaggio a piedi nudi fino a Roma per ottenere il permesso da papa Giulio III di avviare la fondazione, in Spagna, di alcuni poveri conventi sotto la giurisdizione del Generale dei “Conventuali.”. I cenobi furono eretti a Pedrosa, Plasencia e altrove; questi conventi furono raggruppati in un commissariato e lui ne fu il superiore. Nel 1561 composero una vera Provincia, con il titolo di San Giuseppe.

Senza essere scoraggiato dall'opposizione e dagli insuccessi incontrati nella Provincia di San Gabriele, Pietro redasse le costituzioni della nuova Provincia con una severità persino più rigorosa. La riforma si diffuse con rapidità nelle altre zone di Spagna e Portogallo.

Morto ad Arenas, presso Avila, il 18 ottobre 1560 fu beatificato da papa Gregorio XV il 18 aprile 1622 e il 28 aprile 1669 papa Clemente IX lo iscrisse nel numero dei santi unitamente a Maria Maddalena de’Pazzi. Nel 1826 fu nominato patrono del Brasile e nel 1962 (quarto centenario della sua morte), dell'Estremadura.

Papa Leone XIII, con la bolla Felicitate quidam (4 ottobre 1897), riunì gli Alcantarini ed altre famiglie francescane nell'Ordine dei Frati Minori (O.F.M.). Il ramo femminile (suore francescane Alcantarine, approvate nel 1874) è tuttora fiorente.

Con la nuova riforma del calendario dei santi, operata da papa Paolo VI, il suo culto è stato limitato ai calendari locali e delle famiglie religiose il giorno 19 ottobre.