Rupert nacque il 23 gennaio 1876 nella numerosa (ebbe molti fratelli) famiglia di herr Mayer, un agiato commerciante di Stoccarda.

Ottenuta la maturità nel 1894, studiò filosofia e teologia a Friburgo (Svizzera), a Monaco (Baviera) e a Tubinga. Fu consacrato prete a Rottenburg il 2 maggio 1899 e, a partire dal 1912, lavorò come padre gesuita a Monaco.

Si dedicò alle missioni popolari, fu cappellano degli immigrati e, dopo il 1914, militare nella prima Guerra Mondiale. Ferito e amputato alla gamba sinistra, riprese il ministero pastorale specialmente tra i poveri. Nel novembre del 1921 assunse la direzione della Congregazione Mariana degli uomini di Monaco, dirigendola in modo ammirevole. Vedendo nel nascente movimento nazista un grande pericolo incombente sull'umanità, predicò che i cattolici non avrebbe mai potuto essere nazionalsocialisti essendo le due cose incompatibili.

Quando Hitler si impadronì del potere, egli continuò a sostenere coraggiosamente la sua idea e per questo venne più volte arrestato. Nonostante il divieto di raccogliere fondi per la “Charitas”, sfidò i nazisti di Monaco mettendosi davanti alla chiesa di San Michele e raccogliendo denaro per questa istituzione cattolica.

Per via delle sue coraggiose prediche antinaziste la Gestapo lo arrestò e gli proibì di predicare. Lui, una volta rilasciato, continuò con i suoi sermoni sempre più coraggiosi. Il 5 gennaio 1938 fu nuovamente arrestato ed imprigionato nel campo di concentramento di Landsberg. Grazie ad un accordo, fu rilasciato il 3 maggio e don Rupert non predicò più, ma categoricamente si rifiutò di svelare il segreto confessionale.

Il 3 novembre fu incarcerato una terza volta e portato nel campo di concentramento di Sachsenhausen, presso Berlino, lontano dalle comunità cattoliche tedesche. Visto che il suo stato di salute si deteriorava sempre di più, i nazisti, per non far di lui un martire, lo internarono nel monastero di Ettal vicino ad Oberammergau, dove non poteva avere contatti con il mondo esterno. In quel luogo conobbe per pochi mesi il pastore evangelico Dietrich Bonhoeffer, anch'esso antinazista.

A guerra finita, padre Mayer tornò a Monaco, nel convento dei Gesuiti, ove, mentre predicava ebbe a mancare il primo novembre 1945 a causa di un attacco cardiaco. Ora riposa nella cripta della chiesa della Congregazione Mariana chiamata Bürgersaal.

Beatificato da papa Giovanni Paolo II il 3 maggio 1987, viene commemorato il primo di novembre, giorno di Ognissanti.